Sistem menadžmenta kvalitetom prema zahtevima međunarodnog standarda ISO 9001:2000 je implementiran 2006. godine u poslovanje kompanije Farmalogist. Potvrda usaglašenosti sa zahtevima standarda stigla je početkom 2007. godine kada je Farmalogist dobio prvi sertifikat izdat od strane sertifikacionog tela SGS. Tokom 2009. godine poslovanje Farmalogista je usklađeno sa zahtevima standarda ISO 9001:2008, a sistem je resertifikovan u januaru 2010. godine. Tokom 2018. godine poslovanje Farmalogista je usklađeno sa zahtevima standarda ISO 9001:2015, nakon čega je izdat novi sertifikat kao potvrda usklađenosti sa zahtevima standarda ISO 9001:2015.

Sistem menadžmenta zaštitom životne sredine prema zahtevima standarda ISO 14001:2004, kao i Sistem menadžmenta zaštitom zdravlja i bezbednošću na radu prema zahtevima standarda OHSAS 18001:2007 implementirani su tokom 2009. godine. Ova dva sistema sertifikovana su, takođe, od strane sertifikacionog tela SGS u decembru 2009. godine.
Tokom 2017. godine poslovanje Farmalogista u pogledu zaštite životne sredine je usklađeno sa zahtevima standarda ISO 14001:2015, a poslednja resertifikacija ovog sistema izvršena je u decembru 2018. godine nakon čega je izdat novi sertifikati kao potvrda usklađenosti sa zahtevima standrada ISO 14001:2015.
Tokom 2020. godine poslovanje Farmalogista u pogledu zaštite zdravlja i bezbednosti na radu je usklađeno sa zahtevima standarda ISO 45001:2018. nakon čega je izdat novi sertifikat kao potvrda usklađenosti sa zahtevima standarda ISO 45001:2018.